Table 1

Primer sequences for bisulfite PCR and Ms-SNuPE

PrimersNucleotide Sequence
Bisulfite PCR
PAX6 exon 5
Sense5′-GGG AGG ATT ATT TGT AG-3′
Antisense5′-CTT-TCC-TCA-AAT-CAC-AAC-3′
p16 exon 2
Sense5′-GTA GGT GGG GAG GAG TTT AGT T-3′
Antisense5′-TCT AAT AAC CAA CCA ACC CCT CC-3′
5′ Region of DBC
Sense5′-GAA ATT TTT TA(T/C) GGT TTA GTT TTA GTT TAT T-3′
Antisense5′-ACT AAC (A/G)AA TAA AAA AAT AAA TCC AAA TAC-3′
5′ Region of TPEF
Sense5′-AAT TAG TTA TGG TGT TGT GG-3′
Antisense5′-CTA AAA TAA ACT AAT CTA TAC TAA ATA C-3′
Ms-SNuPE
PAX6 exon 5
17 mer5′-GTT GAT AAA GAT ATT AT-3′
19 mer5′-GAG GAT TAT TTG TAG AAT T-3′
23 mer5′-AGT TAG TTT TAT AAT TTT TTG T-3′
p16 exon 2
15 mer5′-GTT GGT GGT GTT GTA-3′
18 mer5′-AGG TTA TGA TGA TGG GTA G-3′
21 mer5′-TAT TAG AGG TAG TAA TTA TGT T-3′
5′ Region of DBC
19 mer5′-GGT TTA GTT TTA GTT TAT T-3′
21 mer5′-AAA GAT GTA TAA AAT ATT TTT-3′
5′ Region of TPEF
19 mer5′-GTT GGT TGT TGT TGT TGT T-3′
23 mer5′-TAG TGT AGT AGT TGG ATA TTT TG-3′
27 mer5′-AAT TGT TTT GGT AAG TTT AGA ATT TT-3′